Неджи является сыном Хьюга Хизаши, принадлежащему к побочной ветви клана. Спустя несколько лет после рождения, Неджи становится защитником своей кузины Хьюга Хинаты и получает Джуин клана Хьюга.
После длительной войны с Кумогакуре, Коноха заключает мир. В честь события устраивается большой праздник, и вся Коноха дружелюбно встречает гостей Кумогакуре. Но это оказывается ловушкой. Облако хотела заполучить секрет Конохи - Бьякуган. Под покровом ночи один из шиноби Кумогакуре крадет Хинату, но его останавливает Хиаши. Похититель умирает. Облако потребовала голову Хиаши и ничего не хотела слушать про похищение. Положение спасает Хизаши, идущий на смерть вместо брата. Он идет на этот шаг добровольно, так как это его первое самостоятельное решение, а также потому что он хочет спасти Коноху во избежание возможной войны и брата с Неджи. Узнав о смерти отца, Неджи начинает ненавидеть и винить главную семью в его смерти. Он усиленно начинает развивать свои способности.
Благодаря усердию и тяжелым тренировкам, Неджи становится лучшим выпускником Академия шиноби. Под предводительством мастера Тайдзюцу, Майто Гая, Неджи попадает в одну команду с гением труда, Ли, а также с мастером холодного оружия, Тен-Тен. Спустя год разлчных миссий и тренировок, Неджи, Ли и Тентен участвуют в экзамене на Чунина.
Действие

Чунин Шикен

Он заинтересовывается именем Учиха Саске, считая его достойным противником. Неджи и его команда проходят первый этап экзамена и благополучно переходят во второй этап. Во время второго этапа Ли отделяется и помогает команде Сакуры. Тентен и Неджи находят его раненным после боя с ниндзя из Отогакуре. Затем он и Тентен идут ему на помощь, но Саске сам расправляется с Шиноби из Отогакуре.
На протяжении Чунин Шикен, Неджи пришлось сражаться с Хинатой. Еще до битвы царила напряженная атмосфера, так как на их фоне стояли конфликты клана Хьюга. Неджи хотел отомстить за то, что он член побочной ветви клана, а не главной. После длительного сражения, в котором Неджи побеждает, он пытается убить Хинату, однако его останавливают присутствующие Джонины. В финальной битве ему пришлось сражаться с Наруто. К большому удивлению зрителей и самого Неджи, Наруто победил и выполнил обещание, данное Хинате.
После этого к нему подошёл Хиаши и рассказал о смерти его отца. Он рассказал ему "подлинную историю". Неджи попытался в слезах атаковать Хиаши. Однако тот склонился на колени и извинился перед Неджи. С тех пор Неджи и Хиаши часто тренируются вместе.

В поисках Саске
Неджи присоединился к команде Шикамару, которая получила задание освободить Саске. На пути к нему, на них напал Кидомару. Неджи решил сразиться с ним, а остальные пошли дальше. Кидомару же оказался очень силен и использовал свой Джуин. Ему удалось быстро узнать что слабость Неджи – мёртвый угол Бьякугана. Быстро выяснилось что у Неджи нет шансов. Однако так как он решил больше не проигрывать, он из последних сил победил Кидомару. После, его относят в назад в Коноху и Ирьёнинам приходиться приложить много усилий, что бы залечить дыры в теле Неджи от стрел Кидомару.

спасение гаары

Команда Гая против Кисаме
В течение двух лет все ученики Гая сдают Чунин Шикен. Когда приходит запрос от Сунагакуре, чтобы помочь спасти Гаару, ставшего Казекаге, команду Гая послали на помощь уже высланной команде Какаши в качестве подкрепления. Команда помчалась к Сунагакуре, но по пути встречает Хошигаки Кисаме.
Гай же не узнает своего бывшего противника. Кисаме избегает большинство их нападений и заключает в водяную тюрьму Тентен, Ли и Неджи. Гай остается в одиночестве и в не выгодном положении. У него не остается другого выбора как использовать Хачимон, а затем и Асакуджаку. Он побеждает Кисаме и освобождает своих учеников. Выясняется, что на самом деле это был не Кисаме а Мукаде.
После этого боя, команда пришла к базе Акацки. Когда они удаляют печати, охраняющие пещеру, сразу сталкиваются со своими двойниками, которые появляются из земли. Копии используют точно такое же оружие и у них были такие же способности. Команда в конечном счете побеждает клонов и помогает Наруто и Какаши, которые преследуют члена Акацки Дейдару.
Неджи, увидев, что Дейдара собирается взорваться, предупреждает всех. Чиё возвращает Гаару к жизни. После этого, команда Гая и команда Какаши возвращается домой в Коноху.

Нападение Пейна и Конан на Конохагакуре
Во время нападения Пейна на Коноху команда Гая находится на миссии. Возвращаясь в деревню, они встречают Гамабунту и тот рассказывает что произошло в деревне. Вскоре они оказались в деревне и видят раненую Хинату. Бьякуганом Неджи находит Сакуру и та помогает Хинате залечить раны.

Гокаге Кайдан
Коноха 11 собирается, что бы обсудить вопрос о Саске и решают, как стоит с ним поступить. Неджи предлагает рассказать Наруто и Сакуре о том, что Саске хочет уничтожить Конохагакуре. На вопрос Сая, что бы он сделал с Саске, Неджи отвечает, что убил бы.
Четвертая мировая война Ниндзя

Неджи умирает

В четвертой мировой войне Ниндзя он сражается на стороне альянса Шиноби, который воюет с Тоби, его армией Широ Зетсу и Якуши Кабуто. Там он становится членом второй дивизии под командованием Китсучи.
Неджи и Хината сражаются плечом к плечу против клонов Зетсу. В конце первого дня Чакра Неджи почти на исходе, так как его Бьякуган большое стратегическое преимущество для дивизии. Киба говорит, что его нюх может заменить Бьякуган и отправляет Неджи в лагерь медицинской дивизии.
Позже выясняется, что в лагерь пробрался враг, несмотря на то что при входе все должны пройти контроль сенсоров. Неджи говорит Сакуре, что видел кого-то подозрительного и входит в палатку с двумя Ирьёнин, чтобы рассказать им. Он говорит, что этот человек - он сам и убивает Ирьёнин. Потом он отправляется к Сакуре, чтобы убить её. Однако она замечает подвох и бьёт его, так что тот падает на землю и превращается в белого Зетсу. Настоящий Неджи лежит на краю поля битвы и отдыхает. С ним находятся Киба и Акамару. Спустя некоторое время, Неджи как и все члены Коноха 11 и Сай бежит к Наруто на поле боя, дабы поддержать его в битве с Тоби.
Спустя некоторое время Неджи прибывает на поле боя Узумаки Наруто, Хатаке Какаши, Майто Гая, Киллера Би, Курамы и Гьюки против Учиха Обито, Учиха Мадары и Джуби. Вместе с ним прибывают и остальные члены Альянса. Обито заставляет Джуби атаковать альянс с помощью Мокутон: Сашики но Дзюцу. Хината пытается спасти Наруто, заслонив его тело. Неджи же заслоняет её и его пронзают деревянные шипы, после чего Джуин на его лбу исчезает, а сам Неджи погибает.